Пол Скоулз начал играть за юношескую команду «Манчестер Юнайтед» 8 июля 1991 года и через 18 месяцев 23 июля 1993 года получил сертификат профессионального игрока. Уже, будучи юным игроком, Скоулз подавал большие надежды в юношеской и резервной командах «Манчестер Юнайтед», выиграв юношеский Кубок Англии в 1992 году и взял серебро в том же Кубке годом позже. Он также был участником английской сборной для игроков до 18 лет, которая выиграла европейский чемпионат в 1993 году.

Скоулз дебютировал в «Юнайтед» 21 сентября 1994 года в матче кубка Лиги против «Порт Вейл», в котором дебютант стразу же отметился «дублем». Его полноценный дебют  в Лиге состоялся 24 сентября 1994 года против "Испвича", в котором он отличился дважды, но "Юнайтед" проиграл 2:3.

В сезоне 1994/95 годов Пол играл в основном составе из-за  отсутствия Эрика Кантоны (дисквалификация) и Марка Хъюза (вследствие травмы). В следующем сезоне Скоулз стал постоянным игроком основного состава и выиграл свои первые трофеи с клубом – медаль чемпиона Англии и обладателя кубка страны, поскольку манкунианцы обыграли в финале «Ливерпуль» и сделали исторический «Двойной Дубль».

Пол забил гол и в своем дебютном матче за сборную Англии против итальянцев на «Уэмбли». Скоулз выступал также за национальную команду на ЧМ-98 во Франции, забив гол в  первом же матче англичан на этом турнире в ворота команды Туниса. Он провел на этом чемпионате все 4 игры в составе англичан.

Говорят, что Пол Скоулз один из самых интеллектуальных в футбольном плане игроков, которые когда-либо выступали за «Манчестер Юнайтед». Его сравнивали с такими великими футболистами в составе «красных дьяволов» как Брайан Робсон или Бобби Чарльтон из-за его способности совершать атакующие проходы из глубины, но ко всему прочему он имеет очень быстрые ноги и может выйти победителем из самых трудных ситуаций.

Пол всегда, кажется, проявляет свои лучшие качества именно в важных матчах. В европейской кампании «Юнайтед» 1998-1999, Скоулз забил важные мячи в ворота «Баварии», «Барселоны». Но, возможно, самым важным его голом в том сезоне стал мяч в ворота миланского «Интера» на «Сан Сиро», когда он сделал счет 1-1, и стал первым игроком «Юнайтед» с 1984 года после Норманна Уайтсайда, который поразил ворота итальянцев на их поле. Пол также забил второй гол в ворота «Ньюкасла» в финале кубка Англии. На «Уэмбли» он отметился хет-триком в ворота сборной Польши, в матче, который англичане выиграли со счетом 3-1.

Всякий раз, когда Скоулз на поле – у «Юнайтед» есть кто-то, кто добавит креатива атакам команды. Этот творческий, энергичный футболист всегда полон идей. Хотя иногда он всё же излишне горячится, и в сезоне 1998/99 он пропустил финал Лиги Чемпионов из-за дисквалификации после матча с «Ювентусом» и был удален с поля в игре сборных Англии и Швеции.

Пожалуй, три мяча Скоулза, из забитых им 12 голов в сезоне 1999/2000 могли бы претендовать на звание лучшего гола сезона. Блестящий удар с 25 ярдов в матче с «Брэдфордом», гол в ворота «Вест Хэма» (он сделал в этом матче хет-трик) и мяч, забитый Полом с 30 ярдов в игре на выезде с «Мидлсборо». Его умная, творческая игра, проходы и постоянное движение в центре поля помогла «Юнайтед» создать огромное число голевых моментов, и позволила забить команде 97 мячей в том чемпионате. Скоулз также забил два гола в матче англичан со сборной Шотландии, что позволило львам с Туманного Альбиона отправиться на Евро-2000.

Основным моментом сезона 2000/2001 стала для Скоулза его изящная игра в матче Лиги Чемпионов против «Панатинаикоса» на «Олд Траффорд». Он сделал за время игры 32 передачи и дважды поразил ворота соперника («Юнайтед» победил 3-0). В том сезоне он стал настоящим бедствием для греков - в марте в ответной игре он сравнял счет на последних минутах и манкунианцы ушли от поражения в Афинах, сыграв вничью 1-1, а в июне снова отличился уже в матче за сборную, когда англичане обыграли жителей Эллады со счетом 2-0. Забив за сезон 6 мячей на европейской арене, Скоулз догнал по этому показателю Дэниса Лоу и Энди Коула. Пол также забил прекрасный гол с 25 ярдов в домашней игре с «Ковентри» и подобный же мяч отправил в ворота «Сандерленда». 18-й номер «Редс»» стал также регулярно пробивать пенальти за «Юнайтед»

С приходом в команду Хуана Себастьяна Верона в начале сезона 2001/2002 роль Скоулза на поле изменилась. Сэр Алекс Фергюсон перевел его с позиции полузащитника на положение оттянутого форварда- то, что делали Кантона и Шерингем в предыдущие годы. Это неблагоприятно отразилось на Скоулзе, чьи коварные появления в последнюю минуту из глубины, казалось, не совсем подходили под стратегическое построение 4-4-1-1.

Пол потерял форму и никак не мог забить, но к Рождеству он постепенно пришел в себя и игра «Юнайтед» в целом улучшилась. В общей сложности он забил девять мячей в сезоне, (включая гол на выезде «Челси» и дубль в домашней игре с «Ньюкаслом»), но это был  не лучший год для Скоулза.

В то время как предыдущий сезон вышел не слишком удачным, кампанию 2002/2003 Пол провел просто блестяще. Забив 20 мячей за сезон, он сыграл очень большую роль в возвращении чемпионского титула на «Олд Траффорд» Его потрясающий хет-трик в гостевом матче с «Ньюкаслом», когда «Красные Дьяволы» победили со счетом 6-2, стал, безусловно, определяющим в игре, которая открыла «Юнайтед» дорогу к славе. Все три гола Скоулза были забиты в разном стиле, но были исполнены по самым высоким мировым стандартам.  Пол забил также победный гол на последней минуте в домашней игре с «Сандерлендом», очень важный первый мяч в выездном матче со «Шпорами», поразил ворота «Вест Брома», и сделал дубль в домашнем матче против «Эвертона».

Скоулзи забил в шести матчах подряд в январе 2003 года, но не только эти голы сделали этот сезон лучшим для Пола. В тактическом плане он лучше приспособился к схеме 4-4-3 в противоположность предыдущему построению 4-4-2. И даже когда Фергюсон использовал игровую схему 4-4-1-1, ставя Скоулза как второго нападающего сзади Нистелроя, это работало намного лучше, чем в предыдущем сезоне. Наряду с забивным голландцем никто не мог отрицать, что влияние Скоулза было решающим в завоевании «Манчестер Юнайтед» чемпионского титула в том сезоне.

В сезоне 2003/2004 он забил 14 мячей, четыре из которых пришлись на долю «Манчестер Сити». Наиболее важным мячом Скоулза стал мяч в ворота «Арсенала» в полуфинале кубка Англии на «Вилла Парк». Пол забил также не засчитанный из-за мнимого офсайда  гол в домашней игре с «Порту», что привело «Юнайтед» к вылету из «Лиги Чемпионов. «Рыжий принц» наконец-то прервал свою голевую засуху в сборной Англии на Евро-2004, но по окончании турнира шокировал многих, заявив, что покидает национальную команду, к огорчению Свена-Горана Эрикссона, который не раз пытался убедить Пола изменить свое решение.

Сезон 2004/05 Скоулз закончил третьим по результативности среди игроков «МЮ» с 12 голами, но свой первый мяч в сезоне он забил лишь в 15-й игре. Увеличение тенденции отсутствия Роя Кина в центре,  заставило Пола больше уделять внимания работе в середине поля и меньше поддерживать атаку. В конце концов, этот сезон закончился для Пола горьким разочарованием, поскольку именно он не забил решающий пенальти в послематчевой серии в финале кубка Англии и «Юнайтед» проиграл «Арсеналу 5-4.

Сезон 2005-06 был омрачен для Скоулза серьезными проблемами со зрением, вследствие удара по голове, который он получил в матче с «Бирмингемом» в конце декабря. Многочисленные походы Пола к окулистам не давали ответа на причину его проблем со зрением и начались разговоры о том, что карьера одного из лучших полузащитников клуба за всю его историю близится к завершению. Однако к удивлению многих Пол завершил сезон на оптимистической ноте, выйдя на поле в последнем матче чемпионата против «Чарльтона».

В сезоне 2006-07 болельщики «Юнайтед» с воодушевлением и радостью встретили возвращение Скоулза к своей лучшей игре как в былые годы. Он смог восстановиться после тяжелой травмы связанной со зрением и снова пройти через свои минуты славы в этом сезоне. Хорошо взаимодействуя со свои новым партнером по центру полузащиты «Юнайтед» Майклом Карриком, он снова показывал созидательный футбол, в полной мере проявляя своё мастерство отличного распасовщика и, как и прежде оставался влиятельной фигурой «Красных Дьяволов» в центре поля.

Скоулз забил первый гол в домашнем матче против «Ливерпуля», который стал для него 500-м в составе клуба, провел мяч в ворота «Копенгагена» в Лиге Чемпионов, сделал «дубль» в гостевой игре с «Ньюкаслом», прекрасным ударом с 30 метров поразил ворота «Астон Виллы» (этот гол был признан голом декабря в Премьер Лиге и лучшим голом сезона в составе «МЮ»), и, проявив незаурядное индивидуальное мастерство, провел гол в домашнем матче против «Блэкберна». Он также своей прекрасной передачей помог Уэйну Руни поразить ворота «Милана» в Лиге Чемпионов. Единственным неприятным моментом для Скоулза стали две красные карточки, полученные им в этом году, но это было лишь небольшое разочарование для «рыжого принца», который в целом прекрасно провел сезон, итогом которого стала седьмая для Пола медаль чемпиона Англии.

В сезоне 2007-08 Скоулз продолжал играть свою немаловажную роль в столь успешной для «Манчестер Юнайтед» компании, проведя за «редс» 24 матча в чемпионате и 7 игр в Лиге Чемпионов. Он мог бы и чаще выходить на поле, если бы не травма колена, которая не позволила ему играть с октября по январь. Пол смог похороните призрак 1999 года, когда он пропустил из-за дисквалификации финал главного клубного турнира Европы и именно его редкий по красоте гол в ответном матче с «Барселоной» став победным, вывел команду в  московский финал.